在室內設計上所面臨的重要問題在於每個空間都必需導循著雙重的系統關係去處理；首先是列為古蹟保存的原有建築體，即美術館建築所要融入的基地本身的問題；其次則是是美術館必須保存與展覽作品的問題。這些關係只有靠建築材料的設計與運用才能夠建立，而並非光靠構想、評估或詮釋便能達成。美術館的入口改在建物窄小的側邊，穿越連續的雨棚、大廳、車站大樓的內廳。整個接待空間在結構上重新詮釋了外部與內部之間的過度性機能。雕刻展覽室與繪畫展覽室之間，利用一序列的屏牆加以分隔，使得中央玻璃穹窿的光線穿透屏牆上方。東側底部的塔台以新的建築型態加以處理（兩座高塔）成為模型與其他作品的展覽空間。沿著塞納河上游的閣樓則暴露出鑄鐵結構，運用垂直的動線使其成為專門的『建築展覽室』。頂部光線的濾光處理在上層畫廊與貝勒霞思畫廊有兩種不同的處理方式：上層畫廊的光線來自位於小展覽室上方的屋架；貝勒霞思畫廊的光線則透過中央廊道的結構以及原有大廈間的柱列。壯麗的中央軸線的幾何性造成了一種對稱性的錯覺：正如整條縱向軸線明確界定美術館主要的參觀路線。入口由宏偉空間的端部進入，兩側夾著兩條平行的軸線以及許多橫向的軸線；側翼展覽室的軸線透過像門一樣的開口與兩條平行的畫廊所形成的縱向軸線交錯；中央橫軸則完全貫穿建築的兩側，所有這些軸線間的交錯都與拉魯思建築本身的結構類型原則相符合：主要入口的柱廊，靠塞納河縱向立面的橢圓形小展覽室，以及加建在貝勒霞思廣場的挑棚入口。美術館的計畫書內對展覽作品加上了具體的分析與分類，依合理性與序列性決定了一套明確的規範，藉此重新組織美術館參觀動線，成為傳統美術館的參觀型態（展覽室、展覽廊道、走道、休息室），同時也在考慮拉魯斯建築室空間下作了修改。空間有時必須遷就計劃的要求，其中的一個例子便是在靠塞納河上遊的閣樓，作為建築展覽的一系列連續的垂直展覽空間，成為美術館中的美術館。依各種不同型態的既存空間而產生出各種原創性的空間，如展覽塔樓便具有其自主性，成為建築中的建築。室內設計在水平和垂直牆面上，石材的運用達到了最高品質的效果。自然採光與人工照明完善的控制使得作品能達到最佳的保存，又能達到最好的展出效果。在重要的工程部份包括了屋頂的維修，重建許多十九世紀建築最具帶表性的裝飾性元素：兩座閣樓頂部的錐塔，緊鄰貝勒霞思廣場側翼的天窗，巨大的水神頭像，天神之旅雕像，以及頂頭兩處兩處雄偉的玻璃帷幕牆。室內裝飾與維修的工程將融合成一體，例如採用車站的纖維灰漿和大理石粉飾。原有車站大廈宴客廳裡的雕刻裝飾，油漆和金箔裝飾則出現在美術館餐廳。